Masalah klasik daerah yang baru dimekarkan adalah: adanya ruang “sengketa” baru dari kegiatan partisipasi politik daerah serta potensi masalah anggaran dari pusat ke daerah. Jika tidak di atur dengan baik (efektif dan efisien), maka aliran Dana Alokasi Umum (DAU) maupun Dana Alokasi Khusus (DAK) yang mengucur ke daerah pemekaran baru akan menjadi bencana. Biasanya daerah baru masih meraba-raba sumber Pendapatan Asli Daerah (PAD)-nya, sehingga apabila kesulitan meningkatkan PAD pada akhirnya daerah baru tersebut hanya akan bergantung pada dana dari pusat.

Berdasarkan data Badan Litbang Kementrian Dalam Negeri, pada tahun 2010 Pemerintah harus mengucurkan dana sebesar Rp 47, 9 triliun sebagai DAU untuk daerah pemekaran, penambahan formasi pegawai, sampai kepada terbukanya peluang jabatan-jabatan politik, baik kepala daerah maupun anggota DPRD. Sehingga disebutkan bahwa pada titik inilah upaya pemekaran daerah menjadi arena bagi para pemburu rente (rent-seeker) maupun para petualang politik yang mengejar kepentingan sendiri/ kelompok tanpa memikirkan kepentingan jangka panjang atas esensi suatu daerah berdiri.

Lebih lanjut Kementrian Dalam Negeri juga menengarai bahwa daerah baru yang dimekarkan, lambat dalam beradaptasi dengan penerapan good governance, pelayanan publik yang murah dan cepat, upaya mendorong partisipasi masyarakat, inovasi daerah, kelembagaan dan aparatur, pengelolaan keuangan daerah, dan lainnya.